1、农用微生物菌剂主要用作基肥、追肥、育苗肥。固态菌剂一般用量2公斤/亩左右，与40-60公斤有机肥混合均匀后使用。在作物育苗时，可将固态菌剂掺入营养土中拌土，混匀后装入营养钵中育苗；亦可将菌剂稀释10-20倍液拌种、蘸根、喷根；按1:100比例稀释后用于灌根、冲施；稀释500倍液进行叶面喷施。
2、复合微生物肥用作基肥10-20公斤/亩，同有机肥或农家肥一起施入；作追肥10-20公斤/亩，作物生长期追施；叶面喷施，稀释500倍液叶面喷施。
3、生物有机肥作基肥100公斤/亩，同农家肥一起施入；作追肥比化肥提前7-10天施入，可参照化肥的施用量。